Perkembangan politik, ekonomi dan budaya masyarakat dalam memaknai batas wilayah, seringkali menimbulkan konflik perselisihan terkait batas wilayah. Sengketa batas wilayah sering kali terjadi karena daerah menerjemahkan otonomi sebagai kewenangan untuk menggali pendapatan daerah yang sebanyak-banyaknya melalui pajak dan eksploitasi sumberdaya alam tanpa memperhatikan keberlanjutan untuk jangka panjang. Terdapat empat aspek yang menyebabkan terjadinya sengketa batas wilayah, yaitu: (1) aspek yuridis; (2) aspek ekonomi; (3) aspek politik-pemerintahan dan (4) aspek sosio-kultural.

Permasalahan aspek yuridis biasanya terjadi karena dokumen payung hukum atau Undang-Undang Pemerintah Daerah terkait batas wilayah tidak sinkron. Batang tubuh dan lampiran terutama peta batas pada Undang Undang Pemerintah Daerah seringkali mengalami perbedaan informasi. Selain ketidaksinkronan batang tubuh dan lampiran, kualitas peta lampiran juga menjadi penyebab permasalahan yuridis. Aspek yang kedua yaitu aspek ekonomi. Aspek ini seringkali berkaitan dengan DAU (Dana Alokasi Umum) dan DBH (Dana Bagi Hasil). DAU merupakan dana yang bersumber dari APBN yang dialokasikan untuk daerah dengan tujuan pemerataan keuangan antar daerah. Sedangkan DBH merupakan dana yang bersumber dari pendapatan APBN yang dialokasikan kepada daerah berdasarkan angka persentase tertentu untuk mendanai kebutuhan daerah, DBH mencakup DBH Pajak dan DBH sumberdaya alam. DAU dan DBH sangat dipengaruhi letak geografis dan batas wilayah daerah.

Aspek politik-pemerintahan berkaitan dengan sumberdaya politik di daerah. Hal ini sangat riskan menimbulkan perselisihan. Kantong-kantong suara dalam pemilihan umum daerah kabuaten/provinsi, duplikasi pelayanan pemerintahan dan keterjangkauan pelayanan pemerintahan yang biasanya menimbulkan perselisihan terkait batas wilayah. Aspek yang keempat yaitu sosio-kultural, aspek ini menyangkut cara pandang masyarakat terhadap batas wilayah. Terkadang masyarakat memandang batas wilayah akan memisahakan adat, kebudayaan, etnis, dll. Selain itu masalah sosial yang bisa menjadi pemicu masalah seperti ketimpangan sosial, isu pendatang dan warga asli, sejarah tempat, dll. Sengketa biasa terjadi karena empat aspek itu, baik kombinasi antar satu aspek dengan aspek lainnya atau kombinasi keempat aspek tersebut.